Beslutet om att flyget från och med år 2012 ska inkluderas i EU:s handel med utsläppsrätter fattades under sommaren.
Enligt Rapport skriver Mats Jansson i ett brev till de nordiska statsråden att utsläppsrätterna kan kosta SAS två miljarder kronor varje år.
Systemet med utsläppsrätter har kritiserats skarpt av flygets internationella och europeiska branschorganisationer, IATA och AEA. De menar att det är en extra skatt som gynnar statskassorna mer än miljön och att det vore bättre om flyget fick investera pengarna i miljövänlig teknik.
SAS har tidigare välkomnat beslutet att inkludera flyget i EU:s system med handelsrätter, som man sade visade att flyget tar sitt miljöansvar och är en politiskt genomförbar kompromisslösning.